Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes erfolgte 1241 unter dem Namen Mulerrun. Später erschienen die Bezeichnungen Mulerron (1295), Nider Muleron (1389), Nidermulleren (1479) und Nidermuoleren (1577). Der Name Muhlern geht wahrscheinlich auf das frankoprovenzalische Wort molar (rundlicher Hügel, Anhöhe) zurück.
Seit dem Mittelalter erfuhr Niedermuhlern zahlreiche Besitzerwechsel. Unter Berner Herrschaft wurde das Dorf dem Landgericht Seftigen zugeteilt. Nach dem Zusammenbruch des Ancien Régime (1798) gehörte Niedermuhlern während der Helvetik zum Distrikt Seftigen und ab 1803 zum Oberamt Seftigen, das mit der neuen Kantonsverfassung von 1831 den Status eines Amtsbezirks erhielt. Kirchlich war das Dorf bis 1699 der Pfarrei Belp unterstellt, heute gehört es zur Kirchgemeinde Zimmerwald.
